Лютер умер в начале 1546 года, но его смерть не ослабила борьбы между католиками и протестантами. Незадолго до смерти Лютера (в декабре 1545 года) папа Павел III созвал собор. Император считал собор единственным средством для умирения Церкви и восстановления ее единства, причем имел в виду необходимые преобразования в Церкви, необходимые уступки протестантским требованиям. Император хотел, чтобы собор был в Германии, но папа требовал, чтоб он был в Италии; наконец выбрали место на границе между Германиею и Италиею: Тридент в Тироле. Но протестанты расстроили планы императора, отказавшись присутствовать на соборе. Весною 1546 года император созвал сейм в Регенсбурге: главы протестантского союза, курфюрст Саксонский и ландграф Гессенский, не явились на сейм. Тогда император, свободный от внешних войн, решился оружием покончить дело: он выставил три армии, папа помогал ему и войском и деньгами против еретиков, католические князья Германии были на его стороне; на его стороне был самый даровитый из протестантских князей – Мориц, герцог Саксонский, человек, равнодушный к религиозному вопросу и руководившийся одними политическими расчетами. Он был во вражде с своим двоюродным братом, курфюрстом Иоанном Фридрихом, и присоединился к императору, несмотря на то что был женат на дочери другого главы протестантского союза, Филиппа Гессенского; император привлек Морица обещанием расширить его владения в Саксонии на счет Иоанна Фридриха.
Летом 1546 года открылась так называемая Шмалькальденская война (война императора против Шмалькальденского союза). Карл V твердил, что дело идет не об искоренении протестантского учения, но что он вооружился против сепаратизма, против политического союза, который представляет государство в государстве и бунтует против императорской власти. Протестанты не были приготовлены к войне, у них не было денег, а главное – между ними господствовало несогласие. В апреле 1547 года курфюрст Иоанн Фридрих был разбит наголову и взят в плен при Мюльберге; он был осужден императором на вечное заточение, земли его и курфюршеское достоинство переданы были Морицу.
Филипп Гессенский, отчаявшись в возможности сопротивления, начал хлопотать о мире через зятя своего Морица, который вместе с Бранденбургским курфюрстом поручился, что его не лишат свободы, если он явится лично пред императором; на этом условии Филипп согласился умолять Карла на коленях о помиловании, выдать ему всю свою артиллерию, отворить все крепости и заплатить большую сумму денег. Несмотря, однако, на поручительство курфюрстов, и Филипп был задержан императором.
Сокрушивши Шмалькальденский союз, Карл считал себя вправе самовластно распоряжаться в Германии как светскими, так и духовными делами. В мае 1548 года появился знаменитый Аугсбургский Интерим, которым император определял все церковные отношения и который должен был служить законом для католиков и протестантов впредь до соборного решения. Из этого постановления и католики увидали, что торжество императора вовсе не было торжеством папы, который напрасно потратил свои деньги на Шмалькальденскую войну: Интерим позволял протестантским духовным удержать своих жен, позволял приобщаться под обоими видами, не принуждал протестантов сейчас же отдать назад захваченные ими церковные имения. И католики, и протестанты отвергли Интерим, император начал силою принуждать к его принятию.
Между тем в Саксонии Мориц уговорил Меланхтона составить свой Лейпцигский Интерим, в котором протестантский богослов допустил прежние католические церемонии, допустил власть папы и епископов. Интерим Меланхтона произвел страшное раздражение между протестантами, которые смотрели на него как на отступничество. Волнение усиливалось вследствие того, что императорские войска вели себя в Германии как в стране завоеванной; неудовольствия высказывались в летучих листках и памфлетах, где толковалось, что Германия должна подлежать игу испанцев и попов. Этими неудовольствиями в Германии воспользовалась Франция и разослала повсюду своих агентов для возбуждения восстания против императора, опасного своим могуществом для целой Европы.
Осенью 1551 года действительно составился тайный союз протестантских князей против императора, и душою союза был Мориц Саксонский, который видел, что ему нельзя долго держаться против всеобщей ненависти, направленной против него как против опоры императорской власти. Франция обязалась платить субсидии, за что союзники уступили ей города Мец, Туль, Верден и Камбре; обещали при будущем избрании императора выбрать или французского короля, или кандидата, ему угодного. Император, находившийся в Инсбруке, был застигнут врасплох; как из земли выросли три протестантских войска и направились в Тироль, тогда как с другой стороны французское войско вступало в пределы Германии. Карл должен был бежать из Инспрука, заслышав о приближении Морица к этому городу, и поручил брату своему, Фердинанду, вступить в переговоры о мире с протестантами. В августе 1552 года заключен был договор в Пассау: Интерим отменен, протестанты получили неограниченную религиозную свободу и не имели обязанности соображаться с постановлениями Тридентского собора. Эти условия были подтверждены на Аугсбургском сейме 1555 года, где постановлено также, что господствующим исповеданием в известной стране считается то, к которому принадлежит владетель этой страны (чья страна, того и религия, cujus regio, ejus religio), что содействовало усилению власти князей; протестанты были сравнены в политических правах с католиками, но только одни лютеране или последователи Аугсбургского исповедания, составленного Меланхтоном для Аугсбургского сейма 1530 года; последователи Цвингли и другого швейцарского реформатора, Кальвина, были исключены из этих прав.
